A prelátus hivatalának megüresedése esetén a jog úgy rendelkezik, hogy a segédvikárius gyakorolja az irányítást, és egy hónapon belül össze kell hívnia az általános választó kongresszust, hogy új prelátust jelöljön ki a megüresedést követő három hónapon belül (vö. Statuta, 149 §§1-2).
A választó kongresszuson az Opus Dei papjai és világi hívei vesznek részt, olyanok, akik betöltötték harminckettedik életévüket és legalább kilenc éve az Opus Dei inkorporált tagjai. Különböző nemzetekből érkező hívek, ahol az Opus Dei apostoli tevékenységet folytat (vö. Statuta, 130 §2). A szabályzat nem határozza meg a kongresszus maximális létszámát. Az utóbbi kongresszusokon a résztvevők száma száz fő körüli volt.
Az általános választó kongresszus tagjává való kinevezés az általános tanács többségi véleménye alapján történik. Az általános tanács a szavazás előtt meghallgatja a regionális vezetőséget, és az adott régió választó tagjait. (vö. Statuta, 130 §2).
A megválasztott prelátusnak szükségszerűen papnak kell lennie, aki betöltötte negyvenedik életévét, a kongresszus tagja, legalább tíz éve inkorporált tagja a prelatúrának és öt éve pap (vö. Statuta, 131, no. 2).
A prelatúra szabályzata meghatározza, hogy a prelátusnak milyen különböző emberi, lelki és jogi követelményeknek kell megfelelnie ahhoz, hogy feladatát el tudja látni. Ennek megfelelően rendelkeznie kell a szeretet, az okosság és az áhítat erényével, az Egyház és a Tanítóhivatal iránti szeretettel és az Opus Dei iránti hűséggel. Mély ismeretekkel kell rendelkeznie az egyházi és a világi tudományokban, és megfelelő vezetői adottságokkal kell bírnia (vö. Statuta, 131, no. 2-3). Hasonló követelmények találhatók a kánonjogban a püspök jelöltekre nézve is. (vö. CIC 378 §1).
Az új prelátus megválasztása a kánoni választás előírásai szerint történik, amelyet a hatályos Kánonjogi Kódex szabályoz általános jelleggel a különböző egyházi intézményekre nézve (vö. 165-179. kánon, és az Ut sit apostoli konstitúció IV. cikkelye). Ezekkel az általános rendelkezésekkel összhangban az Opus Dei szabályzata még meghatároz néhány sajátos szempontot. Ezek közül kiemelkedik az az előírás, hogy a választás megerősítését kell kérni a pápától. A megerősítés azért szükséges, mert az Opus Dei az Egyház hierarchikus szerkezetének része. (vö. CIC 178-179, Ut sit, IV, Statuta 130 §1)
A választás a női központi vezetés (Asesoria Central) gyűlésével veszi kezdetét. Ez a szerv jelenleg 38 nőből áll, akik 20 különböző országból származnak, és magában foglalja a régiók delegáltjait (vö. Statuta, 146 §2). Mindegyikük szabad belátása szerint egy vagy több papot nevez meg, akit legalkalmasabbnak tart a prelátus feladatára, s ezeket továbbítják az általános választó kongresszusnak (vö. Statuta, 130 §3). A kongresszus tagjai, figyelembe véve az Asesoria javaslatait, szavaznak. Csak a jelenlévők szavazhatnak a kongresszuson, képviselő általi szavazás nem lehetséges. (vö. Statuta, 130 §1).
A szavazás lezajlása és a megválasztott elfogadó nyilatkozata után, neki személyesen vagy más valaki útján kérnie kell a pápa megerősítését (vö. Statuta, 130 §4).
Amikor a pápa megerősítette a választást, a prelátus teljes hatalommal bír (vö. Statuta, 130 §1).
Amíg a prelátus hivatala üres, az irányításban résztvevők folytatják feladataikat a központi vezetésben éppúgy, mint a regionálisban. Az új prelátus pápa általi kinevezése után feladataikban megerősítésre vagy változásra kerül sor (vö. Statuta, 149 §3). A jogi és hierarchikus szerkezetre való tekintettel, a különböző irányítási szervek kánonjogi szempontból a prelátus vikáriusai és munkatársai, a prelátus képezi a prelatúra egységének központját és forrását (vö. Statuta, 125 §1).